Проблема отрицательных остатков по партиям в Альфа-Авто. Редакция 5 (5.0.07.03)

Здравствуйте уважаемые форумчане.
Альфа-Авто: Автосалон+Автосервис+Автозапчасти ПРОФ. Редакция 5 (5.0.07.03)

У пользователей было отключено право "Запретить продажу ниже себестоимости" и соответственно по многим заказ нарядам, получилось так, что себестоимость товаров перемещённых в производство оказалась ниже продажной стоимости, соответственно товары были реализованы ниже себестоимости.
Кроме того руководство изъявило желание иметь возможность списывать партии не только по ФИФО, но и иметь возможность ручного списания партий, н-р в том случае если для определённого покупателя спец заказом заказывается товар и именно для него должна списаться определённая партия.
Соответственно для этого было включено право "Разрешить выборочное списание партий", для того чтобы корректировать старые перемещения товаров в производство, выбирая в них партии по которым товар был продан не ниже себестоимости и выбирать определённые партии при продаже покупателям, для которых был сделан спец заказ товара.

Обнаруженная проблема следующая:

В процессе проверки отчёта "Остатки и обороты партий товаров" за весь период работы компании, были выявлены ряд партий(по 120-ти товарам), которые имеют отрицательный остаток.
Причём в перемещениях товаров в производство образующие такие отрицательные остатки по партям, эти самые партии вручную не выбирвлись, т.е. списывались автоматом по ФИФО.
Право "Разрешить отрицательные складские остатки" отключено полностью у всех пользователей.
По журналу регистрации, партия не менялась, т.е. количество товара, уже после определения документа движения никак не изменялось.

Могло ли к такому сбою привести, то что было включено выборочное списание партий и то, что документы перемещения товаров в производство редактируются задним числом, т.е. неоперативно, выбирая в них вручную необходимую партию.

Как наиболее быстро и продуктивно решить такую проблему?Вручную слишком муторно, т.к. для корректировки и перепроведения перемещений, приходится отменять проведение ещё и заказ наряда и перепроводить его.
Кто сталкивался с подобной проблемой?

Буду очень признателен за помощь!
Заранее спасибо!