Обновление

Я так понимаю что у конфигурации включена возможность или конфигурация вовсе снята с поддержки.
По умолчанию при объединении платформа устанавливает "щадящий" режим объединения и пытается "скрестить" тексты обоих конфигураций. В основном это приводит к печальным последствиям. После сравнения стоит включать режим с возможностью удаления объектов и установить приоритет загружаемой конфигурации. Объекты, которые не изменялись в основной конфигурации стоит загружать полностью. А где были внесены изменения смотреть по месту что оставить, а что загрузить.
В настоящее время стоит попробовать снова обновить конфигурацию, взятую из резервной копии до объединения.
Если таковой нет, то обновиться снова уже через сравнение и объединение. Соответственно загрузив полностью все то что не изменялось. А что изменялось "скрестить" с обновлением и перепроверить.
Дело даже не в том, что сейчас выдаются ошибки синтаксического контроля. Все может быть гораздо хуже, но синтаксический контроль проходит.