Воронка продаж за период

Периода нет, потому что воронка строится по всем незавершенным на данный момент задачам. Поскольку воронка продаж по документам строится именно по документам (а не задачам), там предусмотрен отбор.

По поводу отбора по Организациям  - передам Ваше пожелание методисту на рассмотрение.

А в чем логика показа воронки только действующих Бизнес процессов. Как клиент посмотрит сколько было телефонных звонков, сколько презентаций, сколько КП и сколько заключено договоров? за период или по какому то отдельно взятому проекту.

Воронка продаж это оперативный инструмент анализа, то есть инструмент анализа текущего состояния сделок, а также активности продавцов и качество работы со сделками.
Воронку нельзя построить по завершенным Бизнес-процессам, они же уже прошли по всем своим этапам. Какой смысл их включать в воронку, если они только "расширят" горлышко воронки и исказят всю картину. Воронка в таком случае потеряет смысл.

Анализировать контакты, продажи и прочее надо другими, статистическими отчетами. Например, Анализ событий, Анализ Взаимодействий, Анализ КП, торговые отчеты, использовать типовые отчеты УНФ.