Расхождения в ндс счет-фактуры

Проблема оказалась несколько глубже, чем я предполагал.
Добавляю некоторые уточнения и пояснения.

Если в документе, в табличной части не много строчек, к примеру три или пять товаров или услуг, то расхождения не существенные и укладываются в уровень допустимой погрешности - 1-2 копейки.
Но в случае, когда в документе много позиций, например более 15-20, то расхождения уже превышают 5 копеек. А это уже прямое нарушение налогового законодательства и инструкций фнс и минфина.
Показываю на примере, прошу посмотреть скрин (он взят из большого заказ наряда в альфе 5 релиз 8). В нём явно видно, что при вычислении суммы ндс от суммы документа, на калькуляторе выходит серьезная разница. И это всего чуть больше 209 000 сумма документа. А там где она 500 000 и более, разница достигает уже более 10 копеек, что совершенно критично для учета НДС. В частности, моему клиенту, уже два раза назначались камеральные проверки из налоговой, за вот такие вот расхождения в 2-3 копейки.

У меня вопрос не только к разработчикам. Но и по большей части к пользователям и бухгалтерам. У кого какой опыт по данному вопросу? Кто-то сталкивался с подобной проблемой? И правильно ли я рассуждаю?

При анализе данной ситуации я использовал письмо минфина от 1 апреля 2014 г. N 03-07-РЗ/14417
и письмо минфина от 29 января 2014 г. N 03-02-07/1/3444.
В них конкретно сказано, что правила округления которые допускаются для исчисления налогов (50 копеек больше, 50 копеек меньше), не применимы к первичным документам и счетам-фактуры, к которым должны применяться правила "согласно п. 9 Правил ведения книги продаж, применяемой при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утвержденных указанным Постановлением, стоимостные показатели книги продаж указываются также в рублях и копейках." То есть тут тоже понятно и явно, что точность должна быть до копейки! Целой копейки!
Поэтому то и возник вопрос, почему альфа делает такую разницу?? Понятно, что разница возникает из-за большого количества строк в документе. Но ндс то считается не построчно, а по документу в целом.

В общем чего делать? Как быть? Хелп!

Вот еще одно красноречивое подтверждение моей логики:
http://www.glavbukh.ru/art/23213-proverte-okruglenie-summ-nds-limita-ostatka-nalichnyh-i-pokazateley-v-uvedomlenii-o

Никто не утверждает, что итоговые и строчные пересчеты должны совпадать. Утверждаем лишь то, что пересчет итоговой суммы должен соответствовать арифметическим правилам округления до двух знаков, что черным по белому сказано тут http://www.glavbukh.ru/art/23213-proverte-okruglenie-summ-nds-limita-ostatka-nalichnyh-i-pokazateley-v-uvedomlenii-o
А он как раз и не соответствует там, где много строк и большая сумма.
В моем примере видно, что программа увеличила сумму НДС более чем на 5 копеек, что не допустимо. Что и явилось причиной камеральной проверки.