Акт сверки взаиморасчетов. Непонятный принцип формирования записей в документе

Такое поведение, видимо, связано с установленной галочкой в договоре контрагента автоматического закрытия сделок?

Не только в договоре. Имеются также аналогичные галочки в Заказ-Наряде, ПКО и банковской выписке. Галки доступны для редактирования пользователям, которые ничего в этом не понимают. При оформлении новых договоров и документов галки заполняются неким предопределенным образом, который является либо правильным для данного контрагента и документа, либо нет и бессмысленно требовать от пользователей заполнения этой галки тем или иным образом - у них нет никаких мотивов выполнять ваши инструкции и нет соответствующей компетенции.

Следствием всего этого является то, что отчет по взаиморасчетам на уровне сделок (а не на уровне документов движения) прочитать и понять совершенно невозможно. Также невозможно легко понять, почему тем или иным образом был заполнен акт сверки взаиморасчетов.

Таким образом, внедрение системы взаиморасчетов на уровне сделок в типовой конфигурации практически неосуществимо, необходимы значительные изменения в конфигурации.