Здравствуйте. Дело в том что в Альфе пока что не обязательно для возвратов заполнять Документ отгрузки или себестоимость.
А в БП нужно указать одно из двух. Поэтому при возвратах в Альфе нужно указывать либо документ отгрузки либо себестоимость в табличной части.
тогда при перегрузке заполнится выбранный документ отгрузки в возврате или указанная себестоимость.
Если вы указали себестоимость но она не заполнилась в возврате то загружайте файл с установленной галочкой "Списание с учетом партий". Если заполнилось и без этой галочки то устанавливать её не надо (подробнее про галочку можно прочитать в справке).