Как реализована работа с материалами? Не получается их приходовать и списывать.

Дополню ответ Александра.

Поступление и списание (реализация) материалов производится обычными документами товарного движения:
- Поступление товаров
- Реализация товаров
- Списание товаров
Чтобы упростить анализ движения материалов по складам рекомендуется добавить один или несколько отдельных Типов номенклатуры.
Для правильного обмена с бухгалтерией необходимо настроить в бухгалтерии счета учета по группам номенклатуры, тогда при загрузке документов будут корректно подставляться счета учета.

А вот если речь идет о Спецоснастке и спецодежде в эксплуатации, то необходимо использовать документы блока учета Прочих активов. Для ввода в эксплуатацию ранее закупленных материалов использовать Ввод в эксплуатацию и т.д., как ответил выше Александр.