Вопросы при проведении инветнаризации розничного склада

При первом запуске конфигурации автоматически создается служебный документ поступления товаров. Он используется как фиктивная партия, на которую заносятся товары при продаже в минус. При приведении в порядок приходных-расходных документов на партии отрицательных остатков ничего быть не должно. А в данном случае имеет место некорректный ввод документов. Был расход товара, когда небыло прихода или по времени приходная накладная введена позже расхода.

при оформлении документа складскими остатками заполняется розничная цена, которая действует на сегодняшнюю дату. Работает ли принцип: если товар передавался на склад по 2м различнвм ценам, чтобы цена была тоже разная?

Нет, цена может быть только одна (в данном случае последняя).