закрывается 1С через некоторе время при простое

Речь идет об Альфа-Авто 4?
Посмотрите закладку "Планировщик задач" в карточке пользователей, у которых это наблюдается. Может назначена задача  завершения работы системы.

Информации маловато.
Может пользователи сами закрывают.
Может Антивирусник?

Например старые антивирусы могут блокировать временные файлы или файлы 1С, что приводит к ошибке.
Еще такие могут быть битые временные пользовательские файлы - нужно их почистить.
http://rarus.ru/forum/forum7/topic1134/#message5318

Пробовали переустанавливать Предприятия на пользовательских компьютерах?

Уточните информацию:
1. база файловая или клиент-серверная?
2. какая версия самой платформы 1С?
3. какая операционная система у пользователя?
4. Размер оперативной памяти?
5. после того как подошли к компьютеру сколько свободной виртуальной памяти остается? возможно при переходе в спящий режим все данные кэшируются в оперативную память и ее не остается для работы с 1С. Переполнение стека это случай когда 1С может закрыться без сообщения об ошибке.
6. Пользователь не пользовался кнопками работы с буфером обмена М, М+, М- ? Встречаются случаи закрытия 1С Предприятия, при использовании этих кнопок, причем только у определенных пользователей и пока не определено с чем это связано.

Так пробовали чистить кэш настроек пользователя?
C:\Documents and Settings\<Имя пользователя>\Application Data\1C\1Cv81
Возможно просто у этого пользователя есть битая настройка.