В процессе выгрузки на сайт файлы сначала выгружаются в каталог на компьютере, который указывается в настройке соединения с сайтом. Потом разбиваются на части и отправляются на сайт. После загрузки на сайт все файлы из каталога удаляются.
Я прикрепил обработку для текущего релиза (5.03.02). В ней добавлена возможность не удалять файлы обмена. Для этого надо выбрать в меню режим отладки и на закладке "Отладочная информация" поставить галку "Не удалять файлы обмена".