Два юр. лица

Добрый день.
Вам нужно будет создать 2 отдельных организации по этим юр. лицам. И указать настройки: Сервис - настройка параметров - баланс - установить способ ведения баланса (по компании, по организации, по подразделению).

организация создается на втором уровне иерархии (сразу после подразделения компании), а, "стоя" на этой организации, создаются ее подразделения

Добрый день,
По умолчанию в конфигурации нет всех возможностей ведения учета в разрезе двух организаций. Как вариант Вы можете создать две организации, но при этом, вот к примеру в справочнике подразделения Вы не создадите второе юр лицо. Но для каждого подразделения Вы можете указать свою организацию.
P.S. По сути, данная иерархия ни на что не влияет при работе в базе.