При внесении изменений в конфигурации,слетают настройки отчетов.

Сейчас сделано сохранение отчетов методами самой платформы.
Зафиксировал пожелание под номером С0104357. Срок реализации неограничен.

Если интересно привожу статью из ИТС "Сохранение параметров настроек пользователя между сеансами".

Сохранение параметров настроек пользователя между сеансами
1С:Предприятие поддерживает сохранение различных настроек пользователя между сеансами запуска 1С:Предприятия. К таким настройкам относятся, например, размеры и положение окон, настройки колонок табличных полей, настройки отчетов и т.д. Разработчик конфигурации также может выполнять сохранение средствами встроенного языка значений, являющихся, по своей сути, параметрами настройки пользователя.

Следует отметить, что к параметрам настройки пользователя относятся значения не являющиеся существенными для логики работы системы. Они предназначены для повышения удобства работы пользователей, но не для обеспечения решения самих задач прикладного решения. Соответственно эти значения не хранятся непосредственно в информационной базе. Они не сохраняются при создании резервной копии.

Параметры настройки сохраняются 1С:Предприятием по-разному в зависимости от назначения параметра. Например, параметры, связанные с экранными характеристиками компьютера, хранятся так, чтобы действовать только в пределах данного компьютера, а параметры связанные только с данными и не имеющими отношение к компьютеру хранятся таким образом, чтобы быть доступными при запуске пользователем системы с любого компьютера. Параметры, связанные с конфигурированием сохраняются независимо от информационной базы, так как считается, что разработчик может работать с несколькими информационными базами и несколькими конфигурациями. Параметры работы пользователя в режиме 1С:Предприятия сохраняются для конкретной информационной базы и конкретного пользователя.

Далее описывается расположение файлов, в которых сохраняются различные параметры настройки. Эта информация приводится только в качестве описания работы системы. Не следует осуществлять доступ к данным файлам какими-либо средствами. Механизм сохранения параметров настройки поддерживается системой автоматически и не управляется разработчиком или администратором.
Параметры работы пользователей, сохраняемые между сеансами, хранятся в следующих разрезах:
компьютер, на котором запускается 1С:Предприятие;
информационная база;
пользователь информационной базы.
Для различных параметров используются различные разрезы хранения.

Примеры каталогов приведены для операционных систем Windows2000/XP.

Общее для файлового и клиент-серверного вариантов

Компьютер пользователя:

Каталог:
C:\Documents and Settings\<Имя пользователя>\Application Data\1C\1Cv8\
Файлы:
1Cv8strt.pfl - параметры диалога выбора информационной базы
1Cv8.pfl - параметры для компьютера
1Cv8cmn.pfl - общие параметры для компьютера, используемые в Конфигураторе
Каталоги информационных баз:
C:\Documents and Settings\<Имя пользователя>\Application Data\1C\1Cv8\xxxxxxxx-xxxx-xxxx-xxxx-xxxxxxxxxxxx\
Файлы:
1Cv8.pfl - параметры для компьютера и информационной базы
Каталоги пользователей информационных баз:
C:\Documents and Settings\<Имя пользователя>\Application Data\1C\1Cv8\xxxxxxxx-xxxx-xxxx-xxxx-xxxxxxxxxxxx\xxxxxxxx-xxxx-xxxx-xxxx-xxxxxxxxxxxx\
Файлы:
1Cv8.pfl - параметры для компьютера, информационной базы, пользователя;
1Cv8cmn.pfl - общие параметры для компьютера, используемые в 1С:Предприятии.
Для файлового варианта

Каталоги информационных баз

Файлы:
1Cv8.pfl - параметры для информационной базы, а также параметры для информационной базы и пользователя, не зависящие от компьютера пользователя.
Для клиент-серверного варианта

Компьютер, работающий в качестве сервера 1С:Предприятия

Каталоги информационных баз
C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\1C\1Cv8\xxxxxxxx-xxxx-xxxx-xxxx-xxxxxxxxxxxx\
Файлы:
ib.pfl - параметры для информационной базы, не зависящие от компьютера пользователя;
xxxxxxxx-xxxx-xxxx-xxxx-xxxxxxxxxxxx.pfl - параметры для информационной базы, пользователя, не зависящие от компьютера пользователя.