Вопросы по обслуживанию базы УРБД,по порядку обновления и модулю учета рабочего времени

1.У нас  2 филиала -каждый работает в своей базе УРБД,информация обменивается через центральную базу. За время работы накопились помеченные на удаление объекты во всех базах.Понятно,что более корректным вариантом удаления объектов-запуск этой процедуры в ЦБ.Но в ЦБ не все документы,помеченные на удаление перенеслись-они не удаляются. Если же запускать на филиалах удаление помеченных объектов-то тут проблема с элементами справочников возможно, т.к. объект не имеющий ссылок в одном филиале (и может быть в нем удален спокойно) -в другом участвует в  документах и поэтому не может быть удален. Каков порядок действий удаления помеченных объектов является корректным при наличии механизма УРБД?
2.Сейчас мы работаем на релизе 5.05,планируем обновится до последнего релиза 5,08.
Вопрос можно ли произвести обновление путем сравнения файлов конфигурации, перепрыгнув через несколько релизов?Сейчас конфигурации немного переработанная-поэтому не хотелось бы пошагово обновлять каждый релиз.
3. Приобрели  дополнение учет рабочего времени. Так как у нас оно будет использоваться только на отдельных цехах в одном филиале возник вопрос можно ли работать физически в одной базе по одному подразделению,но в одном цехе этой базы используя учет раб. времени,а в остальных нет?