Пожелания по обмену

А в чем тайный смысл данного пожелания? И о каком обмене идет речь? В Альфе их много - и с бухгалтерией и распределенка..

В обмене с бухгалтерией.

А в чем смысл? Может пожелание следует трактовать так: "Добавить универсальный отбор по реквизитам шапки документа, а так же по всем вложенным реквизитам"? Сложновато как-то, при внедрении обычно простят спрятать лишние кнопки.
В вашем случае проще дописать отбор самостоятельно

При выгрузке в бухгалтерию договоров (создаются новые) если галочка не стоит Автозакрытие, тогда Взаиморасчеты ведутся ставится по расчетным документам. Но в бухгалтерии был такой договор, но только с взаиморасчетами по договору в целом. В этот момент происходит дублирование договоров. Что бы избежать такой ситуации нужна галочка либо проверка на заполнение галочки автозакрытие.

Новые договора создаются при выгрузке - если они не были выгружены ранее или они не сопоставлены в таблице соответствий. Если нужно избежать дублирование - определите административно порядок ввода клиентов и договоров: куда они первично вводятся и куда экспортируются.
Если в бухгалтерии такой договор был - значит кто-то его добавил в бухгалтерию, а  кто-то в Альфу. Несогласованный действия пользователей привели к дублированию.  Программа тут не поможет.