Удаление данных в РЕСТАРТе

В Рестарте объекты не помечаются на удаление, у них отключается активность.
Удалить же справочные элементы вручную на текущий момент невозможно, только с помощью обмена (например в рамках обмена старое меню удаляется полностью и замещается новым, даже если фактически меню одно и то же). Номенклатура не удаляется совсем.
Документы можно удалить в рамках регламентной процедуры очистки базы по дату.

Если вам так уж нужно удалить какой-либо элемент, то это можно сделать руками непосредственно из таблиц SQL Server. Но вы должны понимать что вы делаете и к каким последствиям это может привести, если данный элемент участвует в других таблицах и документах.

В дальнейшем появится автоматизированным инструмент удаления ненужных объектов.