Имеем windows server 2012 r2 x64 Дистрибутив скачан с вашего сайта. При попытке установки серверной части вижу ошибку System Error. Code:87 Параметр задан не верно. http://joxi.ru/gmvq8Z8sLYaw9r
Вам нужно использовать актуальный дистрибутив решения,а именно редакцию 3.0. Где-то 1,5 года назад в Windows решили, что нужно изменить параметры при установке . Это значит, что выпущенные ранее программы перестали работать. В решении это поправили, но старые дистрибутивы на более свежих версиях или обновлениях не работают.
Актуальная версия решения работает независимо от того, тонкий или толстый клиент 1С:Предприятие. но конечно, для использования всех возможностей нужно будет внести изменения на стороне 1С (есть демо-конфигурация для встраивания) в ваше решение.