Письма - это обычные документы, они удаляются как и прочие объекты, через Удаление помеченных объектов.
А в чем неудобство администратору базы выполнять удаление помеченных объектов раз в неделю, например?
Если монопольный доступ сложно обеспечить, то можно воспользоваться одной из многочисленных обработок по удалению без монопольного режима, выложенных в сеть.
например http://1c-sfera.ru/index.php/market/administrirovanie/udalenie-pomechennykh-ob-ektov-detail или http://infostart.ru/public/171456/
Так же на диске ИТС есть обработка UNIREPS81\DeleteMarkedObjects\ я ее конвертнул для .8.2 и приложил к посту.
единственный нюанс - они все работают только в толстом клиенте, то есть в обычном приложении.
Другое решение - ночью через "батник" выполнять внешнюю обработку при запуске. Описание есть в справке в 1С (параметр командной строки /EXECUTE) или регламентным заданием..