Инвентаризация + восстановление последовательности

Такой возможности в программе нет

А если последовательность не восстановлена документ Инвентаризация заполнияется неправильно из-за неверного списания по партиям?

Могут быть разные ситуации. Задним числом могла быть изменена рецептура, из-за этого произошло неверное списание, могла быть изменена цена в приходе, в итоге расход пошел по неверной цене. Т.е. если кратко, то в случае невосстановления последовательности может возникнуть ситуация некорректных остатков и соответственно инвентаризация их тоже может не исправить. Но может и не возникнуть.
А в случае восстановления все будет хорошо.

Как поведет себя "Выпуск продукции" в этом случае при восстановлении последовательности?
Он автоматически перезаполнит таблицу производства или надо обязательно взводить флаг "Перезаполнять произв таблицы" в обработке восстановления?
И надо ли установить "Перерасчитывать книжное количество в инвентаризациях"?

Да, если хотите, чтобы новая рецептура учлась, то данный флаг обязателен. Кстати обратите внимание, что в новом релизе данный флаг разделен на 2: для режима по норме и режима по факту.

Установка флага для инвентаризации зависит от ваших целей: если вам важно оставить количество недостач и излишков прежним, несмотря на изменившийся книжный остаток, то флаг не нужен.
Но в подавляющем числе случаев люди хотят, чтобы после инвентаризации работа пошла с правильного фактического остатка. В таком случае флаг обязателен.