Участки складов

Отнести товар к участкам вручную можно через обработку "Номенклатура на участках складов". Она находится в меню Справочники.
Также можно включить настройку "Использовать распределение по участкам складов" (в АРМ Администратора) и в каждом товарном документе заполнять принадлежность той или иной номенклатуры к участкам.
Для проведения инвентаризации в разрезе участков вы можете сделать несколько инвентаризационных описей (по количеству участков). А в документе инвентаризация использовать заполнение по инвентаризационным описям.

Отнес товар через обработку "Номенклатура на участках складов". В инвентаризационной описи выбираю склад и участок склада. Далее заполняю складскими остатками и получаю все товары, не зависимо от участка склада.

Да, чтобы ограничить остатки только нужными позициями надо заполнять через пункт "Заполнить по участку склада". Доступен только если включена настройка, которую я указал выше

И во всех приходных документах надо заполнить поле Участок склада для каждой строчки? Или есть более быстрый вариант?

Если для товара уже назначен хоть один участок, то он в документе проставится автоматически. Если ни одного участка нет, то его придется выбрать вручную.

А как лучше поступить с существующим товаром?

С существующим - имеющимся на остатке? Никакой разницы в подходе нет. Мы не учитываем остатки и обороты товаров по участкам. Поэтому существующий товар вы можете отнести к тому или иному участку с помощью обработки.