Добрый день, Артем.
Флаг "блокировать перерасчет скидок" устанавливается если Вы вводите заказ-наряд на основании какого-либо документа. Если заказ-наряд заводится по кнопке добавить, то данный флаг не устанавливается. Данный функционал прописан в конфигурации, поэтому в режиме 1С:Предприятия его не исправить. Как вариант можете убирать данный флаг при создании заказ-наряда.
Связано это с тем, что заявка на ремонт представляет из себя коммерческое предложение с согласованными с клиентом окончательными скидками, которые должны перейти в ЗН. И поэтому если на момент создания заявки у вас действовала скидка 50%, а к моменту открытия ЗН она перестала действовать, то данная скидка подтянется в ЗН и будет действовать благодаря этому флагу.