Организация справочника номенклатуры

Главный момент, определяющий состав папок в справочнике заключается в том, чтобы каждый элемент можно было однозначно отнести к одной и только одной из этих папок. Второй по важности аспект - в разрезе каких групп товаров вам в дальнейшем нужна будет аналитика в отчетах по продажам.

Более-менее универсальная структура, которую мне удалось выработать и которой хотя бы примерно удается придерживаться выглядит примерно так (здесь приведен верхний уровень иерархии - подпапки можно добавлять по вкусу и необходимости):

 - ГСМ (масла, антифризы, тормозные жидкости, промывки, смазки - в общем все то, что хоть как-то льется или хотя бы тянется)
 - Аксессуары (всевозможные магнитолы и прочая электроника, ковры, защиты картера, тюнинг, автокосметика, наборы инструментов - в общем то, без чего можно ездить)
 - Колеса (шины, диски, колпаки, колеса в сборе, грузики и прочая колесная мелочь)
 - Универсальные товары (аккумуляторы, щетки стеклоочистителей и все то, что подходит практически на любой автомобиль...)
 - Инструмент и принадлежности (здесь все, что не является товаром и используется или расходуется в процессе ремонта а/м - инструменты, приспособления, спецодежда, изолента и т. д.)
 - Запчасти (собственно - все остальное, при необходимости можно выделить кузовные з/ч и расходники для ТО).

Отражать в виде папок производителей и применяемость не совсем верно. Во-первых, это будет дублировать уже имеющиеся реквизиты справочников. Во-вторых - такая система работать не будет в принципе, т. к. каждая позиция будет с большой вероятностью относиться сразу к нескольким таким группам.

В реальности же, все будет зависеть от специфики деятельности вашего сервиса и педантичности сотрудников, работающих со справочником. Насколько бы продуманную структуру вы не предложили, рано или поздно появятся папки "Для ООО Авангард", "Неликвид", "Шиномонтаж", "ТО 1", "Склад на Ленина" и т. д.