Выгрузка в Бухгалтерию

Правка соответствий для документов не предусмотрена и не планируется. Проще удалить документы неправильные пусть загрузит заново, либо вручную ТС Гуиды если есть опыт.

Не, дело не в документах, а в том что склады переносятся в один другой склад.
Т.е. Склад Самара, Склад Ульяновск (в ЗН Альфы) -> Склад Самара(в Реализации Бух)

Посмотрел ГУИД этих складов в ТС, они разные. Где может быть соответствие прописано еще?

Соответствие только в таблице. По поводу разделения ЗН на реализации по складам даже в случае когда при редактировании указать несколько складов в один всеравно будет создана не одна реализация как хотелось бы а несколько с одним складом по причине что соответствия складов пользователем могут поменяться уже после загрузки и это не должно нарушать логику создания уже загруженных документов