Как списывать хоз. инвентарь и материалы которые нельзя отнести на конкретный заказ-наряд?

достаточно ввести документ списания товаров с хозоперацией "Списание товаров в производство". Такие документы будут перегружены как требование-накладная.
Есть еще вариант. В обработке загрузки в бухгалтерию на странице "Опции загрузки" есть флаг "Списание -> Требование накладная". При его установки все списания товаров будут безусловно перегружены в требование-накладную.