Учет налогов

Николай, приносим своим извинения за задержку ответа.

Продукт предназначен для Управленческого, а не регламентированного учета, поэтому расчета налогов и сборов там нет и быть не может.
Способ отражения в нем платежей по налогам и сборам зависит от
-  Вашего удобства с точки зрения отражения этой информации в балансе и ДиР
-  Используемой схемы автоматизации обмена данными по банку и кассе между бухгалтерией и Альфа - авто

Приведу несколько типовых вариантов:
1. Для каждого фонда создается отдельный контрагент с реквизитами для перечисления (обычно в отдельной группе).
Каждое перечисление отражается отдельной платежкой и строкой выписки.
На взаиморасчетах с этими контрагентами копятся расчеты, но вы анализируете только обороты, а финансовый результат вам неинтересен.
При выгрузке в бухгалтерию платежных документов бухгалтер контролирует и подправляет операцию перечисления.

2. То же что п.1 только Корректировкой взаиморасчетов вы списываете(начисляете) эти суммы взаиморасчетов на соответствующие статьи доходов и расходов (детализация по вкусу) в соответствующем периоде и имеете более полную картину финансового результата - можно выделить чистую прибыль.

3. Все платежи осуществляет бухгалтер в бухгалтерской системе и сответствующие документы из АА не загружаются.
В выписке АА вводится отдельная строка на "виртуального" контрагента просто чтобы сходился р/с.