УАТ ПРОФ 1.0.7.1 Справочник "Сотрудники организаций".

Добрый день, Денис!
Совершенно верно, с релиза 1.0.7.1 учет сотрудников (уат) ведется на типовом справочнике "Сотрудники организаций".
Ознакомиться со всеми изменениями релиза 1.0.7.1 Вы можете здесь

Вопрос в том как теперь например в путивом листе выбрать сотрудника из спр. "Сотрудники организаций"?

Так же, как если бы Вы выбирали из справочника "Сотрудники", только теперь ссылка идет на справочник "Сотрудники организации".
Денис, обращаю Ваше внимание, что релиз, который Вы используете не актуальный. Актуальный релиз - 1.0.13.1 от 21.04.2015

Дубль третий. Когда я выбираю сотрудника открывается спр.  "Сотрудники УАТ". Почему открывается старый спр. "Сотрудники УАТ", а не новый "Сотрудники организации"?

Полина я не могу сотрудника выбрать в путивом листе после обновления

Денис, на демо-базе проблема не воспроизвелась. Развернула релиз 1.0.6.3, создала несколько путевых листов, обновила до релиза 1.0.7.1. В обновленном релизе и новые ПЛ, и ранее созданные в релизе 1.0.6.3 ПЛ, ссылаются на справочник "Сотрудники организаций".
Для решения вопроса Вам необходимо обратиться на линию консультаций по электронной почте auto@rarus.ru. В письме обязательно укажите регистрационный номер программного продукта, так как для сопровождения УАТ Проф необходимо наличие договоров на ИТС и ИТС Отраслевой.
Без активных договоров ИТС и ИТС Отраслевой мы можем ответить Вам только на общие вопросы.